離婚を前提に別居をしたのですが、別居後に取得した財産も財産分与の対象となりますか？

原則としてなりません。
夫婦の経済的協力関係は原則的に別居によって終了すると考えられるからです。婚姻期間中であっても、財産分与の対象は婚姻後別居時までに形成した財産となります。